Criado a 11 de outubro de 2017, por Despacho do Ministro da Agricultura, Florestas e Desenvolvimento Rural, n.º 9093/2017, no seguimento da Resolução do Conselho de Ministros n.º 110/2017, de 8 de junho, que aprovou a Estratégia Nacional para a Agricultura Biológica (ENAB) e o Plano de Ação para a Produção e Promoção de Produtos Agrícolas e Géneros Alimentícios Biológicos (Plano de Ação), alterado pelo Despacho n.º 8765/2021, de 3 de setembro de 2021.

O Observatório Nacional da Produção Biológica, tem por missão a recolha, tratamento e divulgação de informação sobre a produção, transformação, comercialização de produtos biológicos, incluindo sobre o seu consumo e sobre os vários mercados existentes.